O Ecomuseu Ilha Grande tem como um de seus principais objetivos o desenvolvimento de ações e atividades de pesquisa voltadas à preservação e difusão de conhecimentos relacionados ao meio ambiente, à história e à vida sociocultural da ilha.

Local reconhecido pela beleza e riqueza naturais, a Ilha Grande, no litoral sul fluminense, possui um total de 87% de sua área preservada por legislação específica. Com área total de 193 km², é a terceira maior ilha oceânica do Brasil, com fauna e flora nativas da Mata Atlântica, rica vida marinha e relevo acidentado e montanhoso, dentre outras características. Sua história é também fortemente marcada pela presença de sistemas prisionais que ali vigoraram por cem anos (1884-1994).